Centre de collaboration en omique statistique

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Les objectifs du CCSS en omique statistique sont :

  1. d’ajouter aux fondements posés par STAGE, programme de formation interdisciplinaire financé par les IRSC en épidémiologie génétique, génétique et génomique statistique.
  2. d’ajouter aux éléments de formation en calcul statistique et méthodes computationnelles proposés aux stagiaires doctoraux (programmes d’études supérieures en biostatistique et statistique) et postdoctoraux (ayant une expérience de la statistique et biostatistique).
  3. de mettre au point une formation de recherche de niveau maitrise qui intègre cours en biostatistique et calcul avec un stage expérientiel en sciences de la santé.

Le programme STAGE de l’Université de Toronto a permis de lancer une formation interdisciplinaire et multi-activités pour les chercheurs de santé en épidémiologie génétique et génétique statistique, formation intégrée aux programmes d’études supérieures et de recherche existants http://www.stage.utoronto.ca/about/curriculum. Ce programme mise sur une forte concentration d’épidémiologistes généticiens, de généticiens statisticiens et de chercheurs biomédicaux à l’Université de Toronto et dans les institutions affiliées, avec plus de 40 mentors de disciplines connexes (www.stage.utoronto.ca/people/mentors). Les mentors STAGE sont actifs au sein d’équipes et de consortiums de recherche nationaux et internationaux, ce qui permet à leurs stagiaires de collaborer à des réseaux nationaux et internationaux.

Les professeurs de biostatistique et statistique actifs en omique statistique collaborent de longue date avec les chercheurs des organisations de science de santé locales. Au niveau doctoral et postdoctoral, les membres du CCSS offrent un mentorat pluridisciplinaire et une supervision de stagiaires dans le cadre d’équipes de recherche en omique interdisciplinaires http://www.stage.utoronto.ca/people/trainees_and_alumni. Ainsi, les étudiants au doctorat peuvent effectuer des stages d’apprentissage expérientiel à titre d’assistant de recherche dans un laboratoire de recherches et voir co-superviser leurs recherches de thèse sur des sujets statistiques en génomique humaine. Au niveau de la maitrise, les professeurs supervisent souvent des stagiaires qui se consacrent à l’analyse statistique de grands ensembles de données génomiques complexes. Il s’agit là notamment d’étudiants à la maitrise en statistique à McMaster, de stagiaires de l’Initiative de formation en biostatistique de Waterloo (OICR) https://uwaterloo.ca/biostatistics-training-initiative/internship, ou de stagiaires en biostatistique à la DLSPH de Toronto http://www.dlsph.utoronto.ca/course/laboratory-in-statistical-design-and-analysis/. Ces stages conduisent souvent à d’autres stages de recherche, puis à l’emploi.

Le Centre de collaboration pour l’omique statistique est dirigé par :

Comité directeur

Laurent Briollais, Biostatistique, École de santé publique Dalla Lana (DLSPH), Université de Toronto et Institut de recherche Lunenfeld-Tanenbaum
Jennifer Brooks, Codirectrice de STAGE (2018- ), Épidémiologie DLSPH
Shelley Bull (président du comité directeur), Co Codirectrice de STAGE, Biostatistique DLSPH et Institut de recherche Lunenfeld-Tanenbaum
Angelo Canty, Mathématiques et statistique, Université McMaster
Rafal Kustra, Biostatistique DLSPH, Université de Toronto
Andrew Paterson, Biostatistique DLSPH et Institut de recherche SickKids
Lisa Strug, Biostatistique DLSPH et Institut de recherche SickKids
Lei Sun, Sciences statistiques, Université de Toronto et Biostatistique DLSPH
Wei Xu, Biostatistique DLSPH et Réseau universitaire de santé

Autres professeurs

Radu Craiu, Sciences statistiques, Université de Toronto
France Gagnon, Codirectrice de STAGE (2010-2019), Épidémiologie DLSPH, doyenne associée (recherche), DLSPH
Rayjean Hung, Épidémiologie DLSPH et Institut de recherche Lunenfeld-Tanenbaum
Jerry Lawless, Statistique et science actuarielle, Université de Waterloo
Geoff Liu, Département de médecine, Faculté de médecine, Épidémiologie DLSPH et Réseau universitaire de santé

Universités affiliées :

École de santé publique Dalla Lana, Université de Toronto
Sciences statistiques, Faculté des arts et sciences, Université de Toronto
Mathématiques et statistique, Université McMaster

Organisations de science de santé

Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute, Système de santé Sinai
Sick Kids Research Institute – Biologie génétique et du génome
The Centre for Applied Genomics – Hospital for Sick Children
University Health Network – Hôpital Princess Margaret
Institut ontarien de recherche sur le cancer
Centre for Addiction and Mental Health – Campbell Family Mental Health Research Institute
Sunnybrook Health Sciences Centre – Hurvitz Brain Sciences Program

Programme de formation :

Programmes d’étude Les programmes de doctorat et de maitrise en biostatistique et statistique sont bien établis à l’Université de Toronto. Les programmes de doctorat exigent une participation aux cours, des examens de qualification/synthèse et des travaux de recherche de thèse inédits (souvent une thèse « papier » sous la forme de publications/manuscrits). Les étudiants peuvent suivre des cours dans le département affilié. Les programmes de maitrise consistent surtout en cours s’étalant sur 8-12 mois; l’option thèse est disponible en biostatistique. En biostatistique (doctorat et maitrise), le cours de laboratoire obligatoire inclut un stage en établissement de recherche en santé.

Les cours spécialisés incluent : Fondements de la génétique statistique, Génétique statistique moderne, Modèles statistiques pour les maladies génétiques humaines complexes, Épidémiologie génétique, Méthodes statistiques pour la génétique et la génomique – séminaire de recherche et club de lecture, ainsi que l’accès à des cours pluridisciplinaires en biologie computationnelle, science informatique et génétique moléculaire et humaine. D’autres cours sont en développement. 

Le programme STAGE vise la formation quantitative au niveau doctoral et postdoctoral et couvre la génétique et la génomique statistiques, l’épidémiologie génétique et moléculaire et la génétique biomédicale. Il propose une formation interdisciplinaire et multi-activités pour les chercheurs de santé en épidémiologie génétique et génétique statistique et un programme d’études créatif incluant cours, stages et développement de compétences professionnelles (www.stage.utoronto.ca/about/curriculum). L’admission au programme se fait sur demande formelle, les dossiers étant examinés par un comité d’admission pluridisciplinaire. Le programmes d’études inclut : mentorat par un trio pluridisciplinaire; cours communs pluridisciplinaires intégratifs; compétences en rédaction de demandes de subvention et activités d’évaluation par les pairs; stages locaux, nationaux et internationaux; série de séminaires mensuels par des conférenciers internationaux (International Speaker Seminar Series ou ISSS) et club de lecture hebdomadaire StatGen; ateliers en développement de compétences professionnelles.

Les séminaires et clubs de lecture hebdomadaires en méthodes statistique pour la génétique et génomique rassemblent la communauté de l’omique statistique locale pour une discussion informelle des sujets d’actualité. Pour les stagiaires, il s’agit par là de mieux comprendre les développements en méthodes génétiques/génomiques statistiques et les enjeux analytiques actuels de l’épidémiologie génétique; de découvrir les sources de littérature méthodologique utiles pour la création et l’analyse d’études en génétique statistique, génomique statistique et épidémiologie génétique; d’aiguiser leur esprit d’évaluation critique de la théorie sous-jacente et/ou des applications des modèles d’études et méthodes d’analyse statistique actuels; et de perfectionner leurs compétences en communication et présentation dans un cadre pluridisciplinaire. http://www.stage.utoronto.ca/home/smg

La série International Speaker Seminar Series est diffusée par vidéoconférence partout au Canada. Elle vise à : exposer les stagiaires à la recherche internationale de pointe; promouvoir l’innovation, la découverte et l’apprentissage interdisciplinaires; promouvoir une communauté de recherche solidaire d’épidémiologistes généticiens et généticiens statisticiens au Canada; promouvoir des recherches rigoureuses et pertinentes dans ce domaine; favoriser la création de nouveaux réseaux de recherche en collaboration. http://www.stage.utoronto.ca/home/isss

Coordonnées :

Dalla Lana School of Public Health, University of Toronto
Health Sciences Building,155 College St, Toronto, Ontario M5T 3M7

Renseignements : Patricia Nguyen, PhD
Coordinatrice du programme IRSC STAGE
Strategic Training for Advanced Genetic Epidemiology
Dalla Lana School of Public Health, University of Toronto
155 College St., 7th floor, Room 735
Téléphone : 416 946 7244

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